La historia de Yucatán propiamente dicha, empieza a partir de la conquista española, en la primera mitad del siglo XVI. Antes de eso, el territorio que hoy se denomina península de Yucatán, era un reducto territorial en el que se desarrolló, probablemente por más de un milenio, el pueblo y la cultura maya y que fue llamado por los propios mayas, el Mayab. La palabra mayab, ma'ya'ab, significa: pocos, no muchos; el lugar donde hay poca gente o de gente escogida.
Anteriormente a eso, en la línea del tiempo, en alguna porción del mismo espacio territorial, hubo poblaciones cuyo origen no ha sido científicamente confirmado y que posiblemente daten de finales del pleistoceno o de la edad del hielo (hace aproximadamente 10.000 - 12.000 años), como parece deducirse de los hallazgos en las grutas de Loltún y en las cavernas de Tulum (Mujer de las Palmas y Joven de Chan Hol).
En el pasado remoto, hace 65 millones de años, a finales del cretácico, en el norte de la región peninsular, cayó un meteorito o una fracción de él, que produjo una catástrofe mundial al hacer desaparecer a los dinosaurios de la faz de la tierra y provocar el denominado Cráter de Chicxulub.
La presencia de los primeros humanos en el espacio geográfico de la península de Yucatán data de finales del pleistoceno (10,000 AC) como parece deducirse de los hallazgos en las cuevas inundadas de Tulúm y en las grutas de Loltún.
También se ha encontrado en las grutas de Loltún material cerámico del año 700 a. C. y vestigios de asentamientos humanos hacia 2,300 a. c., estos al parecer no tienen origen maya. Fueron los mayas quienes establecieron las primeras ciudades en la península. Los primeros de entre ellos, afirman algunos historiadores, bajaron del Petén, para instalarse en la región suroriental de la península en la zona de Bacalar, Quintana Roo y que lo hicieron hacia el año 250 DC. Fueron los Chanes, pueblo o tribu maya que antecedió a los Itzáes, quienes más tarde, hacia el año 525 D.C. comenzaron a moverse hacia el oriente de la península, fundando Chichén Itzá, Izamal, Motul, Ek Balam, Ichcaanziho, hoy la Ciudad de Mérida y Champotón.
Más adelante, hubo otros grandes centros urbanos mayas en Yucatán, aunque cada ciudad tenía autogobierno y fuerza militar (con similar organización a las polis griegas), todos se identificaban como mayas.
En la península las tres ciudades principales fueron, aparte de Chichén Itzá, Uxmal y Mayapán. Éstas formaron la Liga de Mayapán que era una especie de confederación para tener apoyo mutuo en cuanto a comercio y defensa de sus fronteras. El poder desarrollado por la Triple Alianza duró poco, pues Hunac Ceel Cauich, señor de Mayapán, peleó y derrotó a Chac Xib Chac de Chichén-Itzá, quienes huyeron y se establecieron en el lago Petén-Itzá, al norte de Guatemala, según el relato del Chilam Balam de Chumayel.
Muchas ciudades peninsulares actuales en su origen fueron localidades mayas: Mérida (T'H), Campeche (Akimpech) o Can Pech, Champotón (Chan Petón) Chetumal (Chaktemal), etc.
Del mismo modo, muchos apellidos actuales son heredados del pueblo maya a los yucatecos modernos: Canul, Cahuich, Cohuó, Pech, Chi, Ay, Pat, Ucán, Tzec, Yah, Ixba aún se conservan en pleno siglo XXI y tienen su origen en los antiguos mayas
Tras el descubrimiento de América hubo un largo proceso de conquista. Primero empezaron las expediciones de reconocimiento desde las islas de Cuba, Puerto Rico, La Española y Jamaica. En 1511 una carabela de la flota de Diego de Nicuesa, al mando de Pedro de Valdivia (no confundir con Pedro de Valdivia el conquistador de Chile), a bordo del navío Santa María de la Barca que regresaba del Dari?n en el actual Panamá, naufragó cerca de las costas de Jamaica y en una balsa a la deriva llegaron a las costas de Yucatán los náufragos. Hubo unos veinte sobrevivientes del naufragio, de los que casi la mitad llegaron a territorio maya entre ellos el capitán Valdivia, Jerónimo de Aguilar y Gonzalo Guerrero. Todos fueron sacrificados por los mayas, excepto Gonzalo Guerrero y el diácono Jerónimo de Aguilar que lograron huir, aunque tiempo después fueron nuevamente tomados prisioneros y convertidos en esclavos. Iban a transcurrir ocho años entre el naufragio y la llegada de Hernán Cortés.
Gonzalo Guerrero asimiló la cultura maya al grado de formar familia y murió luchando contra los mismos españoles, desconociendo a su rey y abjurando de su religión. Al morir era cacique maya.
Por su lado, Jerónimo de Aguilar fue rescatado por Hernán Cortés cuando éste pasó por esas tierras en 1519, en lo que empezó como expedición y terminó como la Conquista de México.
Jerónimo de Aguilar habría de convertirse en figura clave para la conquista ya que sirvió de eslabón para traducirle a Cortés, del maya al español, lo que por su lado la Malinche o Malintzin, traducía del náhuatl al idioma maya, para hilvanar así los elementos y el conocimiento fundamentales para la épica Conquista de México.
En sus orígenes, el territorio yucateco dependía y era regulado a través de la que se llamó la Audiencia de los Confines, ubicada en el territorio de lo que conocemos como Guatemala. El 9 de enero de 1560 se decreta la Real Cédula mediante la cual Yucatán pasa a depender totalmente de la Audiencia de México.
Apenas un año después figura el nombre de fray Diego de Landa -personaje contradictorio quien nombrado para dirigir la iglesia de Yucatán al final del Primer Capítulo Provincial de la orden de los franciscanos el 13 de septiembre de 1561.
El 12 de julio de 1562 se lleva a cabo el Auto de Fe en el pueblo de Manú, castigo que fue impuesto por Fray Diego de Landa a los indígenas mayas acusados de idolatría. En este lugar, son quemados y destruidos infinidad de documentos originales, códices y esculturas que reflejaban la grandeza de esta antigua cultura.
En el año de 1617 Yucatán fue considerada una Capitanía General, que dependía de la Nueva España, pero debido a su situación geográfica se mantuvo con ciertas libertades. Durante el virreinato español la provincia y capitanía de Yucatán abarcaba los territorios actuales de Campeche, Quintana Roo, Tabasco, Yucatán y también le correspondía nominalmente los territorios del norte del Petén y el actual Belice.
En 1786 la Corona Española implementa el régimen de intendencias y el territorio cambia su nombre a Intendencia de Yucatán conservando sus mismos territorios.
Casi desde el principio de la denominada época de la Colonia, Yucatán tuvo que afrontar los frecuentes y cada vez más peligrosos ataques de los corsarios que merodeaban por sus costas. Los primeros contingentes piráticos que atacaron la península de Yucatán fueron franceses. Saquearon iglesias y casas, y cometieron diversos actos sacrílegos. El gobernador de Yucatán tomó medidas para combatir a los intrusos. Algunos piratas fueron capturados y llevados a Mérida, y posteriormente a la ciudad de México, donde los juzgó el Tribunal de la Inquisición y los condenó a morir en la hoguera, en el primer auto de fe celebrado en la capital del virreinato.
Posteriormente, piratas ingleses ocuparon Campeche. Los vecinos que lograron refugiarse combatieron a los intrusos con heroicidad y lograron la evacuación de la Ciudad. A partir de entonces, el peligro de incursiones piráticas constituyó, junto con el de las posibles sublevaciones indígenas, la preocupación permanente de la población europea y criolla que vivía en Yucatán. Varias de estas incursiones fueron dirigidas por célebres piratas: Pata de Palo, Diego el Mulato, Jacobo Jackson.
Los ataques de filibusteros se multiplicaron en número y audacia, al punto que la Capitanía General de Yucatán, debió realizar ingentes esfuerzos para construir obras de defensa, particularmente en la zona de Campeche: se edificaron murallas, baluartes, almacenes y cuarteles. Estas obras ayudaron a cotrarrestar los efectos de los ataques a la población de esa parte de la Península de Yucatán que era por ese entonces la más rica de la provincia; en cambio, otros lugares de la costa todavía siguieron sufriendo las visitas esporádicas de los corsarios hasta bien entrado el siglo XVIII.
En 1761 Jacinto Canek o Jacinto Uc de los Santos (1730-1761), rebelde maya acaudilló una rebelión indígena contra los españoles mejor conocida como La Rebelión de Jacinto Canek. Este indígena de raza pura había nacido en el barrio de San Román, en la ciudad de San Francisco de Campeche. El apellido por el que pasó a ser conocido lo tomó de un cacique del Petén, jefe rebelde de los itzáes. Durante una fiesta celebrada el 20 de noviembre de 1761 en Cisteil (a unos 50 km de Mérida) incitó a los indígenas a levantarse contra los españoles. En la refriega consiguiente falleció el comandante del destacamento militar colonial de Sotuta.
Extendida la sublevación a otras poblaciones próximas, se enviaron tropas que atacaron Cisteil y obligaron a huir a Canek, quien cayó preso en las cercanías y fue conducido a Mérida junto con otros rebeldes. Ahí fue ejecutado en un tormento público pocos días después de haber iniciado la revuelta.
Por su lejanía geográfica del centro de la Nueva España, en especial de la Ciudad de México, Yucatán no se vio afectado militarmente por la guerra de independencia de México, aunque ya había un espíritu libertador en los yucatecos ilustrados. En 1802 en Yucatán se forma un grupo denominado Sanjuanistas que fue fundado por Pablo Moreno, filósofo yucateco y el capell?n José María Velázquez. A este grupo se integran notables personajes como el padre de Andrés Quintana Roo y Lorenzo de Zavala. En contraparte se integra en la provincia el grupo político denominado los Rutineros que se oponía a toda acción libertadora. Estas dos organizaciones condujeron la lucha política en la que se dirimió de manera incruenta la independencia de la Península de Yucatán de España.
Lorenzo de Zavala, uno de los Sanjuanistas, en 1820 formó la Confederación Patriática, dentro de ésta hubo un cisma y quedaron dos grupos: quienes apoyaban al gobierno español al igual que a la Constitución de Cádiz y otro encabezado por Zavala que buscaba la independencia absoluta de España. Mariano Carrillo Albornoz, en ese entonces gobernador, obligó a Zavala y Manuel García Sosa a ser diputados de las Cortes y los envió a Madrid, mientras los otros liberales eran puestos en prisión sin que Zavala se diera cuenta.
Mientras esto ocurría en Yucatán se proclamó el Plan de Iguala. Le correspondió al Capitán General Juan María Echeverri ser el último Gobernador nombrado por España y el primero de la entidad independiente. Echeverri envió a dos representantes a negociar la incorporación de Yucatán al Imperio Mexicano hecho que ocurrió el 2 de noviembre de 1821.
El 29 de mayo de 1823, la diputación provincial yucateca condiciona la anexión del estado a la nación mexicana a que la por entonces nueva república se sustentara sobre las bases federalistas y aceptara que Yucatán tuviera su propia Constitución.
El 6 de abril de 1825, es sancionada la primera Constitución Política del Estado de Yucatán, siendo gobernador por Yucatán Antonio López de Santa Anna.
La República de Yucatán surgió como respuesta al gobierno centralista encabezado precisamente por Antonio López de Santa Anna en 1835. El movimiento encabezado por Miguel Barbachano, exigía un gobierno federal, y al no lograrlo promovió que Yucatán fuera independiente de México.
Santa Anna, comisionó a Andrés Quintana Roo oriundo de Mérida, para establecer un diálogo con las autoridades yucatecas y el Congreso Yucatanense con el fin de que se reincorporasen a México. La labor de Quintana Roo rindió frutos y se firmaron los tratados del 28 y 29 de noviembre de 1841. En ellos se manifestaba que Yucatán conservaría sus leyes y aranceles de aduanas, así como la libre introducción de mercancías a sus puertos, entre otras ventajas para Yucatán. Sin embargo, las diferencias continuaron y Yucatán se separó del México centralista por dos periodos, pero la península se vio obligada a reincorporarse en 1848, debido a que el propio gobernador Barbachano tuvo que pedir ayuda al gobierno central de México por la Guerra de Castas.
En ese proceso Santiago Méndez Ibarra, ex-gobernador de Yucatán, en pugna con Barbachano a quien había tenido que ceder el poder porque él no había podido resolver el problema de la guerra interna, ofreció la soberanía yucateca a cambio de auxilio militar, a Cuba, a Jamaica, a España e Inglaterra, a los Estados Unidos pero nadie atendió sus súplicas. En septiembre de 1847, Justo Sierra O'Reilly viajó a los Estados Unidos de Norteamérica en busca de ayuda para salvar a la población blanca de la península.
La Guerra de Castas surgió en Yucatán debido a las precarias condiciones de vida de los indios mayas en la península y a la opresión en la que vivían a manos de criollos y mestizos.
Los ricos hacendados explotaban a los indígenas tratándolos como esclavos. La revuelta empezó en 1847 en el poblado de Tepich. Aprovechando la experiencia bélica que habían adquirido en las continuas guerras civiles del Estado, planearon el movimiento rebelde Manuel Antonio Ay, cacique de Chichimilá; Cecilio Chi cacique de Tepich, y Jacinto Pat, cacique de Tihosuco. Los mayas llegaron a controlar la mayor parte de la península y el gobernador Miguel Barbachano tuvo que solicitar apoyo militar a México del cual Yucatán se había separado. Fue una guerra muy sangrienta y terminó hasta 1901 con la ocupación de la capital maya de Chan Santa Cruz (actual Felipe Carrillo Puerto) por las tropas del gobierno federal mexicano.
En 1851 el gobierno yucateco había logrado recuperar el control del noroeste de la Península. Entonces enfrentó nuevas dificultades. En plena guerra de castas y como resultado de pugnas políticas entre facciones irreconciliables, Campeche busca su separación del control yucateco. En 1857 Campeche decretó su independencia y aunque el gobierno central de Juárez tardo algunos años en reconocer el hecho, finalmente en 1862 lo aceptó. Perdidas las mejores salinas y las tierras del palo de tinte, Yucatán tuvo que explorar nuevas alternativas productivas fomentando la siembra de la caña de azucar y principalmente del henequén que mediante la invención de una máquina capaz de desfibrar las duras pencas del agave fue capaz de transformarse en una pujante agroindustria que fue la base de la economía regional durante todo el siguiente siglo.
La ocupación francesa, bajo el imperio de Maximiliano de Habsburgo fue apoyada por los conservadores yucatecos, entre los cuales destacaron el entonces gobernador Coronel Felipe Navarrete y los también coroneles Francisco Cantón Rosado y Teodosio Canto, quienes sometieron a los liberales de Campeche. Mientras duró el imperio (1864-67). El territorio Campechano fue reintegrado temporalmente a Yucatán. En 1865 la emperatriz Carlota visitó la península llegando por Sisal y visitando Mérida, Uxmal y Campeche. Su presencia fue festejada con gran pompa a pesar de los tiempos aciagos que vivía el estado por la rebelión maya que no podía ser sofocada.
En un proceso aparte y posterior, concluida la guerra de castas, el 24 de noviembre, de 1902, el presidente Porfirio Díaz proclamá la formación del territorio de Quintana Roo para evitar nuevos focos de insurrección indígena, separándolo del estado de Yucatán.
El 3 de agosto de 1937, Lázaro Cardenas del Río llega a Yucatán con el propósito de aplicar la reforma agraria en la entidad. Su visita se prolongaría por 23 días fraccionando las tierras de las haciendas henequeneras en ejidos colectivos para entregar a los campesinos. El 30 de diciembre de 1961, se da a conocer oficialmente la creación de Cordemex, empresa cordelera paraestatal que por varias décadas industrializo la producción de henequén de miles de trabajadores.
Hasta mediados del siglo XX, el contacto que tenía Yucatán con el mundo era por vía marítima. El comercio con los Estados Unidos y Cuba, al igual que con Europa y otras islas del Caribe eran más significativos que con el resto de México. En los años 30 se tuvo contacto vía aérea por medio de hidroaviones que despegaban de la Ciénega del Puerto de Progreso, rumbo a La Habana, Cuba y la Florida en los Estados Unidos, en la década siguiente con la inauguración de la terminal aérea se pudo enlazar con la Ciudad de México, a través de la entonces Companía Mexicana de Aviación. En 1950, Yucatán fue unido por ferrocarril al resto del país, seguido por las carreteras que hicieron lo suyo en los años sesenta.
Actualmente, Yucatán todavía mantiene una cultura muy diferente a la del resto de México, con un gran porcentaje de su población manteniendo las tradiciones locales y sigue hablándose la lengua maya por un porcentaje elevado de la población.